Nel 1386 la Repubblica affida alla comunità ebraica un terreno al Lido da utilizzare come cimitero. Il terreno, la cui proprietà era reclamata anche dal monastero di San Nicolò del Lido, venne effettivamente consegnato solo qualche anno più tardi.
Il cimitero venne successivamente ampliato e nel 1641 raggiunse la massima espansione.
In seguito, la necessità di adeguare le fortificazioni porta ad una riduzione degli spazi dedicati, anche se è soprattutto dalla caduta della Repubblica che il cimitero conobbe periodi di progressivo abbandono e atti di vandalismo che portarono alla perdita di numerosi monumenti. Nel 1938 si concluse l'uso cimiteriale dell'area.
Negli ultimi decenni è stato avviata un'opera di riordino del cimitero, comprensiva di restauro e catalogazione delle lapidi e dei sarcofagi; grazie a quest'attività è stato possibile individuarne un migliaio la cui datazione si pone in un arco temporale che si allunga tra la metà del XVI secolo e gli inizi del XVIII.
