Il cimitero venne successivamente ampliato e nel 1641 raggiunse la massima espansione.

In seguito, la necessità di adeguare le fortificazioni porta ad una riduzione degli spazi dedicati, anche se è soprattutto dalla caduta della Repubblica che il cimitero conobbe periodi di progressivo abbandono e atti di vandalismo che portarono alla perdita di numerosi monumenti. Nel 1938 si concluse l'uso cimiteriale dell'area.

Negli ultimi decenni è stato avviata un'opera di riordino del cimitero, comprensiva di restauro e catalogazione delle lapidi e dei sarcofagi; grazie a quest'attività è stato possibile individuarne un migliaio la cui datazione si pone in un arco temporale che si allunga tra la metà del XVI secolo e gli inizi del XVIII.