La Fondazione nasce su iniziativa degli eredi di Mazzotti, subito dopo la sua scomparsa, avvenuta nel 1981, con il fine immediato di non disperdere l'ingente patrimonio documentale raccolto nel corso di una vita di studio e passione per il patrimonio culturale, artistico e paesaggistico del Veneto. Ufficialmente la Fondazione si costituisce nel 1986: i soci fondatori sono, la signora Anna Maria Mazzotti Pugliese, il Comune di Treviso, la Provincia di Treviso e la Camera di Commercio di Treviso. Nel 2002 la Fondazione è stata insignita de Premio Villa Veneta, conferito dall'Istituto Regionale per le Ville Venete, per l'azione svolta per la tutela della memoria di Giuseppe Mazzotti. Nel 2007 la Fondazione sposta la propria sede da Piazza del Duomo a via Marchesan; in seguito a tale trasloco riprende in custodia l'archivio e la biblioteca di Mazzotti, temporaneamente lasciati in deposito presso l'Archivio di Stato. Nel corso degli anni la Fondazione si è arricchita a seguito di donazioni e lasciti di ulteriori nuclei documentari, tra cui spicca il fondo del museologo Marco Tonon. La Fondazione svolge inoltre attività di divulgazione scientifica attraverso la stampa dei "Quaderni della Fondazione Mazzotti" e tramite attività seminariali e convegnistiche.