Il fondo archivistico prodotto dal Ginnasio, che affiancò il Liceo convitto dal 1819, non sembra riportare traccia delle classi ginnasiali annesse al Liceo sin dalla sua fondazione nel 1807 ma riservate ai soli convittori; invece, la documentazione che costituisce il fondo copre pressoché interamente il periodo di esistenza del Ginnasio di Santa Caterina quale ente giuridicamente autonomo, separato amministrativamente e archivisticamente dal Liceo, cui venne riunito più di trent’anni dopo la sua istituzione, nel 1851.
Le carte rimaste, nonostante delle lacune per alcune annate e in coincidenza di alcune serie archivistiche, può dare un’esauriente panoramica dell’attività del Ginnasio e della sua gestione lungo tutto l’arco della sua vita. Innanzitutto è documentata l’amministrazione dell’istituto, quindi la contabilità, i rapporti, molto stretti e assidui, con la Direzione generale dei ginnasi e con altri enti del territorio (governativi, ecclesiastici, di istruzione), l’ammissione e l’iscrizione dei nuovi studenti, la gestione del personale. Cospicua la documentazione inerente alle questioni prettamente scolastiche: esami, voti, programmi di insegnamento, orari, ma anche le punizioni comminate agli studenti, fino alle espulsioni definitive.
Nel fondo si può fare una distinzione di massima: carte sciolte, aggregate in fascicoli identificati da titolo e anno e raggruppabili in serie archivistiche, e registri (i cosiddetti “libri”), partizione a sua volta composta da ulteriori serie. A queste si deve aggiungere un nucleo di documenti chiaramente appartenenti al fondo ma da riordinare e ricollocare nei fascicoli di provenienza.