Nel cinquecento la Scuola medica padovana era già rinomata per lo studio delle piante e il loro utilizzo in medicina e farmacologia, l'incertezza era però legata all'identificazione delle piante curative. La creazione dell'orto era funzioanle a coltivare in proprio molte specie in modo che gli studenti potessero conoscerle direttamente arginando errori e sofisticazioni molto frequenti in passato.
Grazie ai vasti possedimenti della Repubblica di Venezia e all’ampiezza dei suoi scambi commerciali l'Orto si arricchiva continuamente di una grande varietà di piante anche esotiche, che lo resero famoso in Occidente.
L’Orto ha continuato a rivestire un importante ruolo di ricerca e scambio di conoscenze scientifiche sulla botanica e alla farmacologia, tanto che nel 1997 è stato iscritto nella Lista del Patrimonio Mondiale dell’Unesco.
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