Le strutture relative al primo complesso fondato verso la metà dell’XI secolo, forse nel 1053, sono oggi difficilmente riconoscibili a causa dei continui lavori di rifacimento susseguitisi nel corso dei secoli e, in particolar modo, tra la fine del XV e la fine del XVI secolo.

In una prima fase le pertinenze del monastero si prolungavano verso Sud sino alla cosiddetta strada “comune” che attualmente corrisponde al Gran Viale Santa Maria Elisabetta, e comprendevano anche zone coltivate a vigna. Tali pertinenze conobbero sostanziali modifiche nel corso dei secoli, dapprima verso la fine del XIV secolo con la realizzazione del cimitero ebraico e poi, specialmente tra XV e XVI secolo nell'ambito di una più ampia attività di fortificazione della parte settentrionale del Lido, resa necessaria dalle esigenze difensive della città impegnata in continue guerre contro l'Impero Turco.

Il monastero, su due piani, si sviluppa attorno ad un bel chiostro rinascimentale a pianta quadrata al cui centro è visibile una vera da pozzo sovrastata da un pregevole arco in ferro battuto degli inizi del XVIII secolo; le ali est e ovest della struttura si prolungano poi verso sud.

A causa delle sue precarie condizioni di conservazione l’originale basilica dell'XI secolo venne in parte smantellata a partire dal 1626; i suoi materiali vennero riutilizzati in parte per la costruzione dell’attuale chiesa edificata tra 1628 e 1634 in una posizione diversa da quella originale, più spostata verso la laguna.

Nel 1770 la Repubblica soppresse il Monastero attribuendone i relativi spazi ai militari, mentre i restanti dodici monaci benedettini venivano trasferiti a S. Giorgio. Tale situazione perdurò a lungo, ben dopo la caduta della repubblica, garantendo la manutenzione dei luoghi.