I Querini Stampalia cominciano a godere di grande prestigio nel ‘500 ed è proprio in questo periodo (1514) che il palazzo subisce un primo significativo ampliamento senza, però, un vero e proprio progetto unitario: l’edificio diventa un’aggregazione di precedenti fabbricati. Un rifacimento importante è organizzato tra 1789 e 1797 con l’aumento di un piano, la realizzazione di nuovi affreschi e stucchi e la costruzione del primo ponte di collegamento tra il palazzo e la chiesa di Santa Maria Formosa.

Negli anni ’60 del ‘900, vista la frequenza del fenomeno dell’acqua alta, all’architetto Carlo Scarpa viene affidato un restauro degli spazi al piano terra del Palazzo, adibiti a magazzini. Le murature vengono risanate, il giardino, prima in abbandono, viene riorganizzato e restaurato, viene anche costruito un nuovo ponte d’accesso. Altri interventi architettonici si susseguono nel tempo: negli anni ottanta sotto la direzione di Valeriano Pastor e dagli anni ’90 di Mario Botta.

Alla morte nel 1869 del conte Giovanni Querini Stampalia, imprenditore, filantropo e ultimo discendente della famiglia, il palazzo, con tutti gli arredi, i dipinti, gli oggetti d’arte e la sua ricchissima biblioteca, diventano proprietà della Fondazione Querini Stampalia, istituita dal conte un anno prima della sua morte, con il compito di “promuovere il culto dei buoni studi e delle utili discipline”.

Oggi la Fondazione offre al pubblico una biblioteca di 400.000 volumi, di cui 36.000 a scaffale aperto (che si articola in fondi storici derivanti dalle raccolte di famiglia e in fondi moderni in continuo accrescimento), una casa-museo con dipinti, prevalentemente di scuola veneziana (XIV-XX secolo), arredi settecenteschi e neoclassici, oggetti d’arte, suppellettili, lampadari di Murano e il giardino ridisegnato da Scarpa.

Dal 2018 la Fondazione accoglie le collezioni d’arte della Cassa di Risparmio di Venezia, ora Intesa Sanpaolo e ‘affidate’ alla Querini Stampalia. Un autentico tesoro d’arte e storia a disposizione del grande pubblico allestito negli spazi restaurati dall’architetto Michele De Lucchi.

La Fondazione si propone oggi come un luogo di produzione culturale basata sullo studio e la valorizzazione del proprio patrimonio storico e museale e sulla riflessione attenta a cogliere le proposte più avanzate della contemporaneità.