Ridotto a semplici mura, forse a causa di un terremoto o di un incendio, divenne proprietà del veronese Francesco Mercanti e da lui passò ai figli. Costoro, il 18 dicembre 1473, lo vendettero ad Alessandro Miniscalchi. Da atti di compravendita del 1477, l'edificio appare già ricostruito in stile veneziano e decorato sontuosamente.

Nel 1618 Verona, su invito della Serenissima, comperò il palazzo per adibirlo a dimora del Capitano del Lago. In questo periodo subì vari lavori di rifacimento. Il 20 marzo 1854 il Comune di Verona lo cedette in affitto al Comune di Malcesine che nel 1897 ne divenne esclusivo proprietario.

Nel 1902 è stato dichiarato monumento nazionale. La ristrutturazione del palazzo è terminata nel 1998. All'ultimo piano si trova la biblioteca comunale di Malcesine. Nel palazzo si trovano inoltre l'ufficio informazioni, delle sale per mostre, la sede del corpo bandistico di Malcesine. Al piano nobile c’è un salone che ospita convegni, incontri, concerti e matrimoni civili.

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