Realizzata nel 1575 nell'area dove sorgeva l'ospedale eretto da San Gerolamo Miani nel 1517 che ospitava malati e pellegrini.
La struttura ha un alto valore architettonico: il disegno originale è di Andrea Palladio mentre la facciata e il cortile seicenteschi sono opera dell'architetto Baldassare Longhena.
La chiesa vantava una grande tradizione musicale grazie ai cori delle orfane, la “putte”, e all’organo settecentesco di Pietro Nachini.
Ancora oggi ospita concerti a cura dell’ente proprietario, l’Istituto di Ricovero e Rieducazione (IRE) di Venezia.