Ben presto i frati danno avvio alla costruzione di un insediamento stabile comprendente una modesta chiesa in stile gotico e un convento annesso.

In seguito all’aumento dei religiosi e della popolazione che veniva impiegata nei lavori del vicino Arsenale, nella seconda metà del XV secolo riprendono i lavori di ampliamento del convento. All’ampliamento dei chiostri farà presto seguito anche quello della chiesa. La posa della prima pietra avvenne il 15 agosto 1534. Tra il 1571 e il 1581 è la volta del campanile. Ulteriori lavori di ampliamento saranno intrapresi nella seconda metà del Seicento quando a fianco della chiesa si costruirà la Scuola di San Pasquale Baylon e nel lato del convento rivolto verso la chiesa di Santa Giustina si edificherà una nuova ala con relativo chiostro.

Della biblioteca si hanno notizie certe a partire dal 1437. Tra il XVI e il XVIII sec. la biblioteca conosce una discreta fama, sia per i testi conservati sia per le attività ad essa connesse come le lezioni pubbliche di teologia e gli incontri dell’Accademia per le Scienze Ecclesiastiche.

In seguito alle varie soppressioni avvenute nel XIX sec. e alla trasformazione del convento in caserma, il patrimonio della biblioteca viene in gran parte disperso. Con il ritorno della comunità francescana, dopo la seconda metà dell’Ottocento, la biblioteca viene ripristinata anche grazie a lasciti e a eredità di religiosi e laici.

Dal 1989, il convento è sede dell’Istituto di Studi Ecumenici San Bernardino. Per rispondere alle necessità dei docenti e degli studenti, la biblioteca viene dotata di un settore specialistico in ambito ecumenico, costituito da opere relative alle confessioni cristiane e al dialogo tra di esse e con le altre religioni. Infine dal 2001 confluiscono nella biblioteca alcuni fondi antichi appartenuti a confratelli defunti e ad alcuni conventi francescani soppressi. In tal modo oggi la biblioteca dispone di un fondo librario di oltre 120.000 volumi moderni e 40.000 volumi antichi.