Costituito negli anni  Ottanta per opera dell’Amministrazione comunale e grazie all'atività di ricerca del Gruppo Bassa Padovana guidato da Camillo Corrain, si propone di raccontare il rapporto uomo-ambiente nel territorio che va dai Colli Euganei all’Adige nel suo sviluppo storico, dall’era primitiva all’epoca preindustriale. La sua istituzione si deve principalmente a due avvenimenti, il ritrovamento, negli anni Settanta della carta catastale del “Retratto del Gorzone” e la scoperta di reperti di età preistorica in località Selva di Stanghella. Attorno a questi beni culturali nel tempo si è costituito l’attuale percorso espositivo che in varie sale presenta al visitatore una Sezione archeologica (Sala delle ceramiche e Sala della colonizzazione antica), una Sezione etnografica (Sale dell’Osteria, delle Officine rurali e della Ruralità), una Sezione cartografica (Sala della Carta del Retratto del Gorzon e la Sala Cartografia storica). Il museo si propone quale centro di documentazione per la storia evolutiva e ambientale del territorio e fa parte del Sistema museale della Bassa Padovana insieme con i musei civici di Granze e Villa Estense.  Presso il museo sono ospitati inoltre una biblioteca specifica con testi specializzati nei settori archeologico, geografico ed etnografico e un archivio costituito da alcuni fondi con prevalente attinenza al territorio di Stanghella e della Bassa Padovana.