Il Museo è stato creato nel 1959. Comprende molte icone, ma anche codici miniati, paramenti sacri ricamati in oro e oggetti di piccolo artigianato. Unico nel suo genere in Europa conserva alcuni dei migliori esemplari dell’arte di icone portatili dal XIV fino al XVIII secolo, opere  di botteghe artistiche cretesi. Anche l’arte veneziana del XIV secolo è rappresentata nel Museo da due importanti opere: la pala d’altare dell’inizio del XIV secolo e la grande croce  attribuita a Marco Veneziano. Nelle vetrine del Museo sono esposti: “Il romanzo di Alessandro il Grande”, un codice riccamente illustrato del XIV secolo; la così detta “Parresia”, un manoscritto pergamenaceo del XVII secolo, ove sono trascritti i nomi dei benefattori che venivano ricordati durante le funzioni liturgiche; un papiro ravennate dell’epoca di Giustiniano e documenti patriarcali e ducali riguardanti la storia della confraternita greca di San Nicolò. Il Museo si trova al primo piano della “Scoletta”, sede della confraternita, edificio costruito nella seconda metà del XVII secolo dall’architetto Baldassare Longhena assieme al palazzo di fianco il Collegio Flangini.