Zona di confine, spesso contesa da una parte dalla Repubblica di Venezia e dall'altra dal Ducato di Ferrara, tant'è vero che le terre di Fiesso erano soggette al dominio della prima mentre quelle di San Donato e quasi tutte quelle di Ospitaletto si trovavano sotto la reggenza della seconda.
Tuttavia dal punto di vista ecclesiastico il territorio appartenne all'arcidiocesi di Ferrara per secoli e fino al 1818-19.
Tra il 1609-40 l'allora parroco don Bernardino Micario pensa di ricostruire nello stesso luogo, ma orientata in modo diverso, una nuova chiesa con relativo campanile, a destra del presbiterio. Malgrado i successivi interventi, dell'edificio si può ancora osservare lo splendido soffitto a cassettoni che incorniciano 96 dipinti con Episodi della vita della Madonna e di S. Carlo Borromeo, patroni della parrocchia, opera attribuita a Carlo Bononi (1569 - 1632). Se originariamente la chiesa era ad una navata, con la nuova ristrutturazione, avvenuta alla fine del '600, furono innalzate due navate laterali, il presbiterio e il coro, fu rifatta la facciata che ha subito interventi anche in anni recenti. Essa si sviluppa orizzontalmente con paraste tra porte e finestre. Nelle due nicchie estreme della facciata sono collocate le statue della Madonna con Bambino e di un Santo martire. All'interno le tre navate sono suddivise in cinque campate per lato e poggiano su sei colonne ed altrettante semicolonne addossate alle pareti. Interessanti risultano i quattro altari, disposti a coppie sulle due navate minori, richiamantisi per similarità. Nella cappella a sinistra del presbiterio si trova la pregevole ancona in legno dorato del XVI secolo, recuperata dalla distrutta chiesa di San Silvestro a Tessarolo, opera di ambito ferrarese. Alle pareti del presbiterio e della navata centrale sono disposti grandi teleri (sec.XVII), che raffigurano soggetti sacri tratti dal Nuovo ed Antico Testamento. Di produzione veneta si segnala il bel pulpito in legno intagliato che fu realizzato tra il 1888-91, mentre sull'altare maggiore degno di nota è il moderno Crocifisso in bronzo (1968-69) dello scultore di Fiesso Gino Colognesi.