Il Museo è stato istituito negli anni '60 grazie all'impegno dell'Ispettore forestale Giovanni Zanardo, di cui oggi porta il nome, con il proposito di dare visibilità all'incredibile biodiversità del Cansiglio, in particolare alla sua fauna, così difficilmente osservabile in natura.

E' stato gestito dal Corpo forestale dello Stato fino al 2017, quando vi è stato l'accorpamento con l'Arma dei Carabinieri. Oggi è gestito dal Reparto Carabinieri Biodoversità di Vittorio Veneto e dal Nucleo Carabinieri Tutela Biodiversità del Cansiglio.

Concentrata in poche sale vi è una grande varietà di specie animali: nei diorami sono collocati i numerosi mammiferi, rettili, anfibi e uccelli che abitano la faggeta e il bosco misto del Cansiglio. All'ingresso è custodito lo scheletro ben conservato di un Orso bruno ritrovato nella cavità che ha poi preso il suo nome: Busa dell'Orso. Recentemente (2021) un altro scheletro di Orso, datato come risalente a 1.000 anni fa, è stato donato al Museo da parte del Gruppo Spelologico di Pordenone, che lo ha ritrovato, recuperato e restaurato.

Una sala è dedicata esclusivamente agli uccelli: un centinaio di esemplari rappresentativi dei diversi generi presenti nel territorio. Nella piccola sala dedicata alla geologia grafici e foto spiegano i meccanismi chimici e fisici del terreno carsico e l'orogenesi dell'Altopiano. Un'attenzione particolare è data all'illustrazione della parte vegetale del bosco: la catena alimentare, la composizione forestale, i diversi tipi di foresta.

Il Museo è aperto nel periodo estivo, e su richiesta nelle altre stagioni.