Il museo racconta attraverso un percorso organizzato per temi l'evoluzione del rapporto uomo-ambiente dalla preistoria fino alla prima meccanizzazione agricola nell'area della bassa padovana.
Il percorso espositivo si articola in diverse sale che toccano ciascuna differenti aspetti del vissuto e della storia di questi luoghi: l'osteria, la sala delle officine rurali, la sala della grande carta catastale del "retratto del gorzon" e la sala della cartografia storica.  All'ultimo piano dell'edificio si trovano la sala della ruralità , la sala della colonizzazione antica e la sala delle ceramiche.