A seguito della nascita nel 2005 della Facoltà teologica del Triveneto, nel 2008 i volumi della sezione moderna (post 1900) della Biblioteca del Seminario vescovile di Padova vennero trasferiti nella nuova sede della Biblioteca della Facoltà teologica, posta al piano terra, nel cortile retrostante l'abside della Chiesa del Seminario.  Nel settembre del 2008 la nuova Biblioteca denominata Biblioteca della Facoltà teologica del Triveneto, del Seminario vescovile di Padova, dell'Istituto filosofico Aloisianum venne aperta al pubblico e inaugurata solennemente nel giugno dell'anno successivo. La Biblioteca è specializzata in scienze storiche, filosofiche e teologiche, conta un vasto patrimonio librario catalogato in SBN, a cui si affianca anche il consistente archivio del Centro di Studi di Gallarate, pervenuto nel 2019, di cui è stato principale artefice p. Giacon. La Biblioteca ha quindi successivamente modificato la sua intitolazione in Biblioteca della Facoltà Teologica del Triveneto.