La Biblioteca civica di Padova venne fondata insieme al Museo e all’Archivio alla metà dell'Ottocento. Il suo primo nucleo documentario era costituito principalmente da fondi manoscritti e antiquari, provenienti in gran parte da biblioteche private di famiglie e collezionisti padovani. Si configura ora come una biblioteca di studio, ricerca e conservazione e, dal 2009, come biblioteca di pubblica lettura, è la sede centrale del Sistema Bibliotecario Urbano.  La sede storica della Biblioteca per lungo tempo si è identificata con gli spazi offerti dalle due ali esterne dell'ex convento di sant'Antonio di Padova, vicino al noto Orto botanico. Nel 2009 la Biblioteca si è trasferita presso il Centro culturale Altinate San Gaetano, nel centro storico cittadino. Continua a incrementare e a valorizzare il suo patrimonio tradizionale, di spiccata impronta umanistica, con particolare riguardo alle discipline di storia, arte e letteratura, soprattutto locali. Cura l'aggiornamento delle sue raccolte speciali: la Padovana, la Dantesca e la Petrarchesca. La Biblioteca è stata considerata da sempre luogo privilegiato per la custodia della memoria locale. Per questo in passato e in tempi recenti i discendenti di famiglie ragguardevoli e di personaggi di rilevanza per la vita cittadina le hanno affidato i propri archivi per la custodia, l’inventariazione e la consultazione. Numerosi sono quindi gli archivi privati presenti in Biblioteca, tra cui l'archivio della famiglia Dondi dall’Orologio, Pietro Estense Selvatico, Niccolò Claricini Dornpacher, Alberto Cavalletto, Carlo Anti, Emilio Lovarini, il fondo Pergamene diverse. Nel 1991 la Regione del Veneto dopo averlo acquistato, ha affidato in comodato alla Biblioteca il consistente e ricco archivio della famiglia Maldura-Emo Capodilista.  In Biblioteca è inoltre conservato l’archivio del Museo Civico di Padova e l'archivio storico dell’istituto (1858-1980).