L’Istituto di Storia dell’arte è il primo Istituto scientifico nato nell'ambito della Fondazione Cini (1954). Ha sede nella biblioteca seicentesca di Longhena e nella quattrocentesca "manica lunga" del Buora dell'ex monastero benedettino di San Giorgio Maggiore. Svolge un ruolo di promozione e di sostegno alla ricerca, comunicazione e diffusione della storia dell’arte, in particolare di quella veneta. Incoraggia e coordina ricerche d’ampio raggio, incontri e convegni di studi. Custodisce un importante nucleo di opere d’arte – soprattutto disegni, dipinti, miniature e libri antichi - e numerosi archivi documentari e fotografici legati, in particolare, a significative personalità della storia dell'arte, quali Giuseppe Fiocco e Rodolfo Pallucchini, direttori dell'Istituto nella seconda metà del Novecento. Altri fondi conservati dall'Istituto sono testimonianza della sua ricca attività scientifica e divulgativa. Con l'accoglimento in deposito del Fondo Cardazzo (2016) l'Istituto ha inaugurato un nuovo filone d'interesse e di ricerca legato all'arte contemporanea.